纵横3000由20多个子系统组成，基本涵盖了图书馆所有业务并对图书馆传统业务模式进行了扩充。
图书馆传统业务靠以下子系统来完成：采访子系统、编目子系统、流通子系统、读者管理子系统、连续出版物子系统、典藏子系统、阅览室管理子系统、数据转换子系统、馆务管理子系统等。
在传统图书馆业务的基础上，图书馆又扩充了以下子系统以加强图书馆的数据信息管理及读者服务功能。科技论文全文管理子系统、读者登到子系统、Internet图书资料采访征询子系统、图书馆Internet网站管理子系统、多媒体阅览室管理子系统、其他辅助软件（回溯建库、《中图法》（第四版）计算机辅助分类、条码打印、触摸屏检索、LED电子显示屏管理、多媒体触摸屏导航）、新书MARC数据网上支持系统等。